就業規則を制定する事業主側にとって最も重要な意味を持つこととしては“業務命令権の確保”ということが挙げられるでしょう。 

これは、企業の経営権に属するような、配置転換権や施設管理権などはもちろんなのですが、労働時間のことや、時間外労働を命令する権利も就業規則にしっかりと記載されていなければ、事業主は労働者に対しては“残業せよ！”と命令するは基本的にはできないわけです。

例えば、原則の労働時間として、９時から１８時まで、休憩時間が１２時から１３時までになっている就業規則で、労働時間の繰上げや繰り下げの規定もない、時間外労働を命じる旨も記載されていないような管理をしているような会社、事業所であれば、突発的にに何かが起こって、早出勤務や超勤の必要性が生じたとしても、勤務時間の繰上げ、繰り下げや超勤命令ができなくて、対応策がないということになってしまいます。

仮に、何人かの従業員が自主的に対応してくれたとしても、原則は残業を拒否する従業員に対しては、就業規則で命令権を担保していない限り、会社側、事業主側から残業を命じることはできないという解釈になってしまうわけです。

誤解があるようなので、述べておきますが、３６協定（時間外労働、休日労働に関する協定書）を労働者代表と締結していても、会社側、事業主側が残業命令権を確保しているということにはなりません。３６協定はあくまでも、法定時間外労働を従業員にさせることの免罰効果（処罰されないための手続き）に過ぎないのです。 

よって、時間外労働や休日労働を事業主側の命令権として確保しておくには、就業規則にその旨を記載することが必須となってくるわけです。 

 この考え方は、変形労働時間制にも同様と解釈されます。つまり、就業規則上の記載がなければ、１年単位変形等の変形労働時間制に即した勤務を従業員に命じられないわけです。

１年単位の変形労働時間制を制定する際に、法定の導入要件として、労使協定の締結、及び労基署への届出が義務となりますが、たとえ１年単位変形の労使協定が締結され、労基署に届出があったとしても、当然に会社、事業主が、１日８時間、１週４０時間を越える所定労働時間を従業員に命じられるわけではないのです。あくまで協定書の締結、届出だけでは、処罰を免れるための、免罰効果でしかなく、協定書を締結していても、従業員から、原則の法定労働時間を超えるような労働時間での就労を拒否されたら、会社の命令権が確保できていない以上、法定労働時間以上は就労させられないという解釈になります。